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（1）担保调查评估环节存在内部控制缺陷。李某对甲公司进行了资信调查和风险评估后，没有评估结果书面报告做法错误。李某应该对评估结果出具书面报告。 
博兴公司没有对甲公司提供反担保的土地资产进行资产评估的做法错误。博兴公司应该对提供反担保的资产进行资产评估，并获得书面的评估报告。 
（2）担保的授权审批制度存在内部控制缺陷。李某根据公司的担保标准和担保条件对甲公司进行了资信调查和风险评估，并做出接受甲公司担保申请的做法错误。博兴公司应当建立担保授权和审批制度，规定担保业务的授权批准方式、权限、程序、责任和相关控制措施，在授权范围内进行审批，不得超越权限审批。重大担保业务，应当报经董事会或类似权力机构批准。 
（3）为关联方提供担保存在内部控制缺陷。李某和甲公司董事长是表兄弟关系，双方属于关联方的近亲属关系。李某在博兴公司为甲公司的担保申请的评估与审批等环节应当实行回避。 
（4）被担保人要求变更担保事项存在内部控制缺陷。甲公司经营陷入困境，要求把担保额提高到1000万元，李某同意修改合同的做法错误。被担保人要求变更担保事项的，博兴公司应当重新履行调查评估与审批程序。 
（5）反担保财产管理存在内部控制缺陷。博兴公司从一开始就没有获得该土地的权利凭证，只有甲公司的反担保说明，而且反担保的土地存在法律纠纷，在2016年8月就被法院依法判决转移到乙公司。博兴公司应当加强对反担保财产的管理，取得并妥善保管被担保人用于反担保的权利凭证，定期核实财产的存续状况和价值，发现问题及时处理，确保反担保财产安全完整。 
（6）担保业务责任追究环节存在内部控制缺陷。博兴公司为甲公司担保出现失败后，作为经手人的李某辞职，并跳槽到另外一家担保公司工作，博兴公司没有追究李某的责任的做法错误。博兴公司应当建立担保业务责任追究制度，对在担保中出现重大决策失误、未履行集体审批程序或不按规定管理担保业务的部门及人员，应当严格追究相应的责任。