第1问：
(1)施工单位应提出两项索赔：一是延长工期的索赔；二是工程费用的索赔。
(2)由于建设单位提供图纸有误，以及更正图纸等指示延误，对工程进度造成影响。根据《公路工程标准施工招标文件》(2018年版)第四章通用合同条款11.3款规定，属于发包人的原因造成工期延误，承包人有权要求发包人延长工期和(或)增加费用，并支付合理利润。同时，依据规定，由于增加额外工程的变更令，故应适当延长工期天数。又根据通用合同条款第15.1～15.4款规定，增加本合同的工程量，对增加工程量应以作价，给予一定的费用索赔认可。
第2问：
(1)工程建设三方都可以提出工程设计变更意见。
(2)施工单位的工程设计变更意见应向监理机构提出，监理机构审核后报送建设单位处 。监理机构的工程设计变更意见应逐级提出，由总监办审核后报送建设单位处理。建设单位的工程设计变更意见可直接向设计单位提出，必要时征求监理机构的意见。