建设工程合同包含多个专业工程的，担任施工项目负责人的注册建造师，负责该工程施工管理文件签章，B选项错；
修改注册建造师签字并加盖执业印章的工程施工管理文件，应当征得所在企业同意后，由注册建造师本人进行修改，E选项错。
建设工程施工活动中形成的有关工程施工管理文件，应当由注册建造师签字并加盖执业印章。分包工程施工管理文件应当由分包企业注册建造师签章。分包企业签署质量合格的文件上，必须由担任总包项目负责人的注册建造师签章。A、C、D选项正确。
故本题选择A、C、D选项。