注册会计师在设计实质性分析程序时应当考虑的因素：（1）对特定认定使用实质性分析程序的适当性（选项A）；（2）对已记录的金额或比率作出预期时，所依据的内部或外部数据的可靠性（选项B）；（3）作出预期的准确程度是否足以在计划的保证水平上识别重大错报（选项C不正确）；（4）已记录金额与预期值之间可接受的差异额（选项D）。