自行开发方式的缺点有：系统开发要求高、周期长、成本高，系统开发完成后，需要较长时间的试运行；自行开发软件系统需要大量的计算机专业人才，普通企业难以维持一支稳定的高素质软件人才队伍。这种方式企业能够在充分考虑自身生产经营特点和管理要求的基础上，设计最具有针对性的会计软件，所以通用性差，因为企业内部员工对系统充分了解，所以软件出现问题时，能够及时高效地纠错和调整。