是否需要消毒以及消毒程度应根据废水性质、排放标准或再生水要求确定。为避免或减少消毒时产生的二次污染物，最好采用紫外线或二氧化氯消毒，也可用液氯消毒。在设备投资和运行费用方面，臭氧≈紫外线＞二氧化氯＞液氯，故最经济的消毒处理方法是二氧化氯法。臭氧消毒适用于污水的深度处理（如脱色、除臭等）。在臭氧消毒之前，应增设去除水中SS和COD的预处理设施（如砂滤、膜滤等）。