在中国经济转轨的特定历史背景下，允许地方政府发行市政收益债券会面临诸种风险，这不仅有相对于发行者和购买者而言的市场风险，还有相对于政府而言的公共风险和财政风险，以及由中国现在体制因素带来的信用风险。
(1)政府作为投资主体，监督和约束机制不健全。
(2)地方财政的非独立责任性。
(3)地方政府信用评级缺失。
(4)原有隐性债务的历史负担。
(5)地方政企不分的隐患。