（1）银行间市场的结算方式。我国银行间市场的债券结算采用实时全额逐笔结算机制，统一通过中央国债登记结算有限责任公司的中央债券综合业务系统完成。全额结算也被称为逐笔结算，指每笔结算单独交收，各笔结算之间不得相互抵销。全额结算采用券款对付的结算方式，同步办理券和款的交割和清算、结算。
（2）交易所市场的结算方式。交易所市场的债券清算和结算主要采取的是中央对手方的净额结算机制，由中国证券登记结算有限公司负责债券交易的清算、结算，并作为交易双方共同的对手方提供交收担保。在固定收益电子平台实现的成交，清算模式有两种：交易商之间达成的交易和交易商与客户达成的交易。