优化复制方法从一篮子样本证券开始，用数学方法计算一定历史时期内(样本期)各样本证券的最优组合，使之在样本期内能够达到对标的指数的最佳拟合状态。优化复制的优点是所使用的样本证券最少，缺点是这种方法隐含假设成分证券的相关性在一段时间内是相对静态、可预测的，由此导致该方法往往具有较高的跟踪误差。
采用优化复制法的债券指数基金，以标的指数的成分券构成基础，综合考虑跟踪效果、操作风险等因素构成组合，并根据基金资产规模、日常申赎情况、市场流动性以及银行间和交易所债券特性、交易惯例等情况，进行取整合优化，以保证对标的指数的有效跟踪。当预期成分券发生调整时，或因基金的申购和赎回等对本基金跟踪标的指数的效果可能带来影响时，或因市场流动性不足时，或因债券交易特性及交易惯例等因素影响跟踪标的指数效果时，或其他原因导致无法有效复制和跟踪标的指数时，债券指数基金管理人将对投资组合管理进行适当变通和调整，构建替代组合。