2013年8月5日，环保部联合农业部发布了《关于进一步加强水生生物资源保护严格环境影响评价管理的通知》（环发[2013]86号），其中涉及水生生物自然保护区或水产种质资源保护区的建设项目环评提出明确要求，国家级水生生物自然保护区影响专题评价应当按照农业部《建设项目对水生生物国家级自然保护区影响专题评价管理规范》（农渔发[2009]4号）执行。地方级水生生物自然保护区影响专题评价可参照上述管理规范执行。