根及根茎类药材一般在秋、冬两季植物地上部分将枯萎时及春初发芽前或刚露苗时采收，此时根或根茎中贮藏的营养物质最为丰富，通常所含成分也比较高，如牛膝、党参、黄连、大黄、防风等。有些中药由于植株枯萎时间较早，则在夏季采收，如浙贝母、延胡索、半夏、太子参等。但也有例外，如明党参在春天采集较好。

采皮时可用环状、半环状、条状剥取或砍树剥皮等方法。如杜仲、黄柏采用的“环剥技术”，即在一定的时间、温度和湿度条件下，将离地面15~20cm处向上至分枝处的树皮全部环剥下来，剥皮处用塑料薄膜包裹，不久便长出新皮，一般3年左右可恢复。

中药材适宜采收期确定的一般原则：双峰期。当有效成分的含量有一显著的高峰期，而药用部分的产量变化不大时。有效成分含量无显著变化时。有效成分含量高峰期与产量不一致时，有效成分总含量最高时期。有些药材，除含有效成分外，尚含有毒成分，在确定适宜采收期时应以药效成分总含量最高、毒性成分含量最低时采集为宜。