选项A错误，选项D正确，实行招标的工程合同价款应在中标通知书发出之日起30天内，由发承包双方依据招标文件和中标人的投标文件在书面合同中约定。
选项B错误，招标文件与中标人投标文件不一致的地方应以投标文件为准。
选项C正确，实行工程量清单计价的工程，应采用单价合同。
选项E正确，不实行招标的工程合同价款，应在发承包双方认可的工程价款基础上，由发承包双方在合同中约定。